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系统发生树

2018-08-27 10:40:06     所属分类:树结构
利用16S 核糖體RNA繪製的系統演化樹,三個最大分支(域)分別爲細菌域、古菌域和真核生物域。
自动生成的生命树,基于完全测序的基因组。[1][2]

系统发生树英语:phylogenetic tree)又称演化树进化树evolutionary tree),是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树状图。是一种亲缘分支分类方法(cladogram)。在图中,每个节点代表其各分支的最近共同祖先,而节点间的线段长度对应演化距离(如估计的演化时间)。

目录

  • 1 树的种类
    • 1.1
  • 2 树的算法
    • 2.1 矩阵法
    • 2.2 简约法
    • 2.3 最大似然法
    • 2.4 后验概率法
  • 3 相关软件
    • 3.1 Phylip
    • 3.2 ARB
    • 3.3 MrBayes
    • 3.4 BAMBE
    • 3.5 软件
  • 4 参考文献
  • 5 外部链接
  • 6 参见

树的种类

系统发生树

肌球蛋白的无根树

树可分为有根树和无根树两类。有根树是具有方向的树,包含唯一的节点,将其作为树中所有物种的最近共同祖先。右图即是一个有根树,表示了三域系统(Woese 1998)。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群(英文outgroup),这个外群要足够近,以提供足够的信息,但又不能太近以至于和树中的种类相混。

把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息(外群)或假设(如假设最大枝长为根)时不能确定其树根。无根树是没有方向的,其中线段的两个演化方向都有可能。

树的算法

矩阵法

近邻结合法 neighbor-joining (NJ)

简约法

最大简约法 maximum parsimony (MP)

最大似然法

最大似然估计 maximum likelihood (ML)

后验概率法

贝叶斯法 Bayesian

相关软件

Phylip

官方网站:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html (英文)

ARB

官方网站:http://www.arb-home.de/ (英文)

MrBayes

官方网站:http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php (英文)

BAMBE

http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)

软件

软件列表

  • PAUP*
  • TreeView
  • Phylowin
  • fastDNAml
  • SEMPHY
  • PALM

参考文献

  1. ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed). 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. 
  2. ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061. 

外部链接

  • The Death of the Tree of Life is Greatly Exaggerated
  • 生物软件网 进化树分析软件
  • 生物谷 进化树分析软件
  • 进化树软件使用综述
  • 演化树软件介绍(英文)

参见

  • 进化论
  • 生物分类总表
  • 树 (数据结构)

David Hillis英语David Hillis' Hillis Plot (image)

  • 分类学
  • 系统发生学(phylogenetics)
  • 系统发生网络(phylogenetic network)
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